萩のまち全体を博物館に見立てた「萩まちじゅう博物館」の中核施設で、萩の自然・歴史・文化の魅力を総合的に学べる博物館。 深海魚「リュウグウノツカイ」などの自然展示や、世界遺産「明治日本の産業革命遺産」を構成する萩城下町に関する資料のほか、吉田松陰や高杉晋作ら幕末維新に活躍した人物などに関する資料を展示。 「くらしのやかた」ではくらしの道具など、民俗資料を公開。年に４回特別展や企画展も開催している。